En 2016, el Museo Amparo, en colaboración con el Banco de la República de Colombia, inauguró la exposición Johanna Calle. Silentes, 1985-2015. La muestra consistió en una revisión del trabajo de la artista colombiana realizado entre 1985 y 2015, un período considerado de gran experimentación plástica para ella, ya que expandió su práctica del dibujo a través del uso de materiales inusuales como alambres, hilos, fotografías, papel perforado o textos, para hablar acerca de la realidad social de Latinoamérica.

El Museo Amparo organizó en 2016 el curso Museos en la mira, coordinado por la Dra. Ana Garduño. Durante las 8 sesiones, los participantes tuvieron la oportunidad de dialogar acerca del papel actual de los museos con temas como Museos y colecciones en México, Políticas culturales y red museal, Curaduría y museografía, Museología, ayer y hoy, Interpretación en museos, entre otras temáticas.

En 2016, como resultado del Programa de Estudios e Investigación de la Colección Permanente, el Museo Amparo presentó la muestra Testimonios de fe: Colección de Exvotos del Museo Amparo, los cuales ilustran cómo generaciones de individuos y sus familiares apelaron a los santos de su devoción para ser librados de accidentes, enfermedades y peligros. Para la exposición se seleccionaron alrededor de cien exvotos de la Colección del Museo Amparo, divididos en tres grupos que permitieron ilustrar algunos de los principales motivos que suscitaban las peticiones de ayuda: los accidentes, las enfermedades y las situaciones de peligro e injusticia. 

En 2016, el Museo Amparo, en colaboración con el Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía y Acción Cultural Española (AC/E), inauguró la exposición Fotos & libros. España 1905-1977, la cual se concibió como una revisión de la historia de la fotografía española de los primeros setenta años del siglo XX a través de fotolibros. La muestra estuvo compuesta por alrededor de 30 conjuntos fotográficos que permitieron adentrarse en la transformación de la sociedad española durante el siglo pasado, tratando temas como la evolución en la imagen de la mujer, el cambio del medio rural, las visiones de los bandos de la Guerra Civil, la muerte de Franco y la transición democrática, a través de la obra de fotógrafos como José Ortiz Echagë, Alfonso, Francesc Català-Roca, Robert Capa, Ramón Masats, Xavier Miserachs, Joan Colom y Francisco Ontañón o Colita. 

En 2016, en el marco de la exposición temporal Dechado de virtudes. Historias de labores femeninas. Siglos XVIII-XX, el Museo Amparo realizó el taller de Bordado contemporáneo. En el taller, impartido por el artista Miguel Pérez Ramos, los participantes contaron su historia personal a través de dibujos y patrones en bordado que fueron plasmados en un lienzo a modo de dechado.

El Museo Amparo, en colaboración con Fundación Televisa, inauguró en 2016 la muestra Paul Strand. El murmullo de los rostros, la cual consistió en la revisión más completa que se ha hecho sobre la obra del fotógrafo y cineasta neoyorquino en nuestro país. La exposición estuvo conformada por 220 piezas, entre fotografías, proyecciones videográficas, carteles y documentos del artista en sus dos estancias en México, la primera de 1932 a 1934 y la otra en 1966.

En 2016, el Museo Amparo presentó un ciclo de conferencias relacionadas con el Programa de Estudios e Investigación de la Colección Permanente. A través de este Programa, el público tuvo la oportunidad de conocer a profundidad las obras del Museo en voz de diferentes especialistas. La primera conferencia se tituló Indicadores para conocer la arquitectura histórica de Puebla a cargo del Dr. Carlos Montero Pantoja.

En 2016 se organizó el seminario Curaduría global desde aquí, impartido por el curador y crítico independiente, Gerardo Mosquera. En el seminario, los participantes pudieron reflexionar sobre las diferentes aristas de esta disciplina a través de seis sesiones: Introducción a la curaduría; Curaduría antihegemónica. Arte, Internacionalización y dinámicas culturales; "Contra" el arte latinoamericano I y II; y Curaduría fuera de los espacios auráticos y ampliación del público I y II .

En 2016, en el marco de la exposición El murmullo de los rostros. Paul Strand en México, el Museo Amparo, en colaboración con Fundación Televisa y la Filmoteca de la UNAM, realizó una función especial de la película Redes. La cinta, fotografiada por Paul Strand en 1934, se proyectó en el Teatro del Complejo Cultural Universitario de la BUAP y fue musicalizada en vivo por el ensamble Cine Mudo. 

En 2016, el Museo Amparo, en colaboración con el MARCO de Monterrey, organizó la exposición Mario Pani. Arquitectura en proceso. La muestra contó con alrededor de 250 piezas —entre material de archivo, fotografías, maquetas, planos y videos realizados ex profeso— que mostraron la trayectoria del reconocido arquitecto mexicano durante el siglo XX: desde los proyectos de multifamiliares y Ciudad Universitaria, hasta sus colaboraciones con artistas u otros arquitectos.