Diego Rivera. Obra de caballete fue la primera exposición del Museo Amparo. Se inauguró el 28 de febrero de 1991 y en ella se mostraba el mensaje y color de las pinturas de este reconocido artista mexicano.

En 1992 concluyó la primera generación de la especialidad La Cultura Mesoamericana que ofreció el Museo Amparo y que exploraba numerosos aspectos de la arqueología en México. La primera conferencia fue impartida por el Arqueólogo Roberto García Moll, en ese entonces Director General del INAH.

En 1993 se presentó la exposición Sebastian. Selección de obras, las cuales fueron elegidas por el propio artista con la intención de ofrecer una visión conjunta de su obra escultórica. 

En 1994 se presentó en el Museo la exposición Federico Cantú. Los látigos de tus líneas con un conjunto de obras que incluía retratos, escenas religiosas y mitológicas, y paisajes. Entre sus obras se encuentra el grabado de la madre amamantando a su hijo, escoltados por las alas desplegadas del águila y asentada sobre las siglas IMSS.

En 1995, el Museo Amparo inauguró la exposición Del deseo y la memoria en el nuevo edificio del Centro Museográfico. Esta muestra colectiva reunió la obra de 21 pintores contemporáneos, entre ellos Rodolfo Morales, Sylvia Ordóñez, Enrique Guzmán, Julio Galán y otros importantes artistas mexicanos.

En el marco del quinto aniversario del Museo Amparo, en 1996 se inauguró la exposición Arte Virreinal del Perú, integrada por pinturas, esculturas, platería, retablos, mobiliario y piezas de arte popular, destacando una serie pictórica de ángeles y arcángeles arcabuceros, pintados por representantes de la escuela de Cuzco, Quito y Lima. 

En 1997 se inauguró la exposición Mauricio Cervantes. Zona liminal. La muestra organizada en colaboración con el INAH y el Centro Cultural Tijuana incluyó 34 encáusticas en tres series: Resurrección de los signos primordiales, La biblioteca de Asurbanipal y Suspendido en la Zona Liminal. 

En 1998 se inauguró esta exposición temporal para conmemorar el LXXXV Aniversario de la creación del Ejército Mexicano. La muestra contempló 340 piezas, entre documentos históricos originales, obra plástica, indumentaria, fotografías, banderas y armas, desde la Independencia hasta la Revolución Mexicana. 

En 1999 se inauguró la exposición Arquitectura y diseño de la italiana Anna Castelli. La muestra estuvo conformada por más de 180 objetos que permitieron apreciar parte de los proyectos arquitectónicos y diseños de mobiliario que la artista realizó en sus más de 50 años de trayectoria profesional. 

Como parte de las celebraciones de su noveno aniversario, el Museo Amparo, en colaboración con la Fundación Cultural Serfin, A.C., realizó la exposición De tlacos y pilones a billetes y tostones. El dinero de México, la cual a través de documentos, fotografías, esculturas, pinturas, y por supuesto monedas y billetes, recrearon la historia del dinero en nuestro país desde la época prehispánica. La investigación histórica estuvo a cargo de Leonor Ludlow y Pilar Martínez López-Cano, con la asesoría de Eliseo Garza Salinas y Miriam Kaiser. 

Con motivo del décimo aniversario del Museo Amparo, en 2001 se inauguró la exposición Rodin en México. La muestra, realizada con el apoyo del Museo Soumaya, incluyó 28 esculturas del artista francés Auguste Rodin, hechas en mármol y bronce, entre las que destacaron El Pensador y Puertas del Infierno.

En 2002, con piezas de arte prehispánico del acervo del Museo Amparo, de la zona Arqueológica de Xochitécatl y de los Museos regionales del INAH en Tlaxcala y Puebla, se inauguró la exposición La maternidad en el México prehispánico. Esta muestra constó de 85 piezas, en donde se rindió un homenaje a las mujeres mesoamericanas y la importancia de su rol dentro de la sociedad prehispánica.

En 2003 se inauguró la exposición Bienal de Monterrey. Colección FEMSA; se presentaron obras realizadas por 35 artistas mexicanos y extranjeros como Adolfo Patiño, Boris Viskin, Betsabeé Romero, Manuel Rocha Iturbide, Stefan Brüggemann, Manuela Generali, Melanie Smith y Teresa Serrano.

En 2004, el Museo Amparo, en colaboración con los Museos de Bellas Artes de San Francisco y UBS, presentó la exposición internacional Acentos americanos: Cultura visual como historia. Las pinturas, exhibidas primero en museos estadounidenses y posteriormente presentadas en nuestro país, mostraron momentos clave de las condiciones sociales, políticas y culturales de Estados Unidos, como la industrialización, la introducción de los servicios de energía eléctrica y la influencia afroamericana. Se pudieron apreciar las obras de importantes artistas como Georgia O’Keeffe, Thomas Cole y John Singer Sargent.

En 2005 se inauguró la muestra del artista oaxaqueño Francisco Toledo Zoología fantástica. La exposición estuvo integrada por 45 obras en tinta y acuarela que retrataban la fauna fantástica que plasmó en sus textos Jorge Luis Borges. También se pudieron apreciar piezas de la Colección de Arte Prehispánico del Museo, mostrando así la relación entre el hombre y la naturaleza como parte de un mismo mundo. 

En 2006 se presentó la exposición Maestro de los sueños en homenaje al artista Rodolfo Morales. La muestra retrospectiva se realizó en colaboración con el MARCO y contó con aproximadamente 200 obras en las cuales se pudo apreciar su habilidad para crear atmósferas oníricas inspiradas en las tradiciones y mitos de su natal Oaxaca.

En 2007 se inauguró la exposición Los murales de Miguel Covarrubias: Esplendor del Pacífico, la cual estuvo compuesta por cinco mapas monumentales de más de 45 paneles. Las obras fueron pintadas entre 1939 y 1940 para la Exposición Internacional del Golden Gate en la Isla del Tesoro en San Francisco, California; en ellas se proyectaban varios aspectos sociales, culturales, económicos y científicos de los países de la zona del Pacífico. 

En 2008, el Museo Amparo, en colaboración con el Museo de Arte Contemporáneo de Monterrey y CEMEX, realizó la muestra Pensando en ti, la cual consistió en un homenaje póstumo a Julio Galán. La exposición estuvo compuesta por una selección de más de 100 óleos, collages, cerámicas, así como diversos objetos que pertenecieron al artista mexicano.

En 2009, el Museo Amparo, en colaboración con el Museo de Arte Moderno, organizaron la muestra Yishai Jusidman. Pintura en obra. Conformada por cerca de 90 piezas provenientes de colecciones de México, Estados Unidos y Europa, la exhibición integró una síntesis retrospectiva de las series que Jusidman realizó de 1987 a 2009. Destacaron las series de Payasos, Bajo tratamiento y Pintores trabajando. 

En 2010 se presentó la muestra Cicatrices de la fe. El arte de las misiones del norte de la Nueva España, 1600-1821, la cual integró piezas de arte novohispano poco conocidas. Contó con más de 100 obras entre pinturas, esculturas, platería, textiles, muebles, mapas y libros, destacando la escultura de Cristo del domingo de ramos que data de 1700. 

En 2011, el Museo Amparo, en colaboración con The Institute of Contemporary Art de Boston, realizaron la muestra Dr. Lakra, siendo ésta la primera exposición individual del artista oaxaqueño en un museo mexicano. La exhibición estuvo conformada por 60 obras realizadas en dibujos sobre papel, publicaciones antiguas, muros u objetos en donde el artista usó el tatuaje como recurso para otorgarles una segunda piel y dotarles de una nueva connotación.

El 17 de marzo de 2012, en coordinación de la Dirección de Turismo Municipal, se realizó la primera Noche de Museos. En esta edición participaron 4 museos: la Casa de Alfeñique, la Capilla del Arte UDLAP, el Museo Militar y Biblioteca “General Ignacio Zaragoza”, y el Museo Amparo, abriendo sus puertas hasta las 22:00 horas con entrada gratuita.

En 2013 se inauguró la muestra fotográfica de la artista Graciela Iturbide; la exposición retrospectiva reunió 80 imágenes en blanco y negro en diferentes formatos que permitieron apreciar la sensibilidad visual, personal e íntima del trabajo realizado por la fotógrafa mexicana.

En 2014, el Museo Amparo inauguró la exposición de la artista brasileña Regina Silveira El sueño de Mirra y otras constelaciones, nombre que hace referencia a la princesa de Asia que trajeron a Puebla, coloquialmente conocida como China Poblana. La muestra contó con una intervención ex profeso para el Vestíbulo, en el que la artista recreó en vinil diseños que hacían alusión al bordado tradicional; además se presentó una constelación de 12 maquetas y seis videos de proyectos realizados en otras partes del mundo.

En 2015, el Museo Amparo, en colaboración con Fomento Cultural Banamex, A.C. y el Instituto Nacional de Bellas Artes, presentó la exposición Arquitectura en México, 1900-2010. La construcción de la modernidad. Obras, arte, diseño y pensamiento, la cual recorrió 110 años de arquitectura en el país, enfatizando su relación con el diseño, el arte y el desarrollo urbano. La exhibición estuvo conformada por 500 piezas entre fotografías, dibujos, maquetas, mobiliario, esculturas, pinturas y planos urbanos de más de 160 autores. 

En 2016, el Museo Amparo, en colaboración con el Banco de la República de Colombia, inauguró la exposición Johanna Calle. Silentes, 1985-2015. La muestra consistió en una revisión del trabajo de la artista colombiana realizado entre 1985 y 2015, un período considerado de gran experimentación plástica para ella, ya que expandió su práctica del dibujo a través del uso de materiales inusuales como alambres, hilos, fotografías, papel perforado o textos, para hablar acerca de la realidad social de Latinoamérica.

En 2017 se inauguró la exposición Toujours, el museo como testigo, presentando una selección de obras de la colección del CAPC musée d'art contemporain de Bordeaux, Francia, concebida específicamente para el Museo de Arte Contemporáneo de Monterrey y el Museo Amparo. La exhibición, cuyo tema principal fue la importancia histórica del museo francés, contó con 34 obras que incluyeron instalaciones, dibujos, videos, fotografías y esculturas de más de 20 artistas como Absalon, Christian Boltanski, Daniel Buren, Maurizio Cattelan, Sol LeWitt y Annette Messager.

En 2018 se llevó a cabo el proyecto Forasteros. De migrantes, refugiados y exiliados, una intervención creada específicamente para el Vestíbulo del Museo Amparo que evolucionó cada semana. La intervención, coordinada por Rafael Ortega, estuvo acompañada por conferencias, películas, imágenes, historias y obras que permitieron al público dialogar, sensibilizar y reflexionar sobre el tema de la migración.

En 2019 se inauguró la exposición Africamericanos, la cual fue resultado de un proyecto transmedia de investigación, exhibición, difusión y producción visual sobre las comunidades afrodescendientes en América Latina y el Caribe. La exposición reunió alrededor de 400 piezas de 70 artistas oriundos de 16 países, a través de las cuales se propuso una reflexión y análisis de la influencia africana en la construcción de las identidades latinoamericanas y su reconocimiento.

En 2020, el Museo Amparo inauguró la exposición Erick Meyenberg. Re Mayor No Es Azul, en la que el artista mexicano usó el color como una forma de producir experiencias sinestésicas. La muestra reunió más de 12 obras y proyectos, entre instalaciones, fotografías, esculturas, videos y dibujos creados a partir de paletas cromáticas.

En 2021, el Museo Amparo, en colaboración con el Museo Universitario Arte Contemporáneo (MUAC, UNAM), inauguró la exposición Manuel Felguérez. Trayectorias, la cual presentó 88 obras que recorrieron la producción artística de Felguérez, desde su obra pictórica temprana hasta sus últimas piezas caracterizadas por ser monumentales. 

En 2022, el Museo Amparo presentó la exposición Día y Noche, Memoria en Línea. Lake Verea, la cual mostró dos obras realizadas por el dúo conformado por las artistas Francisca Rivero-Lake Cortina y Carla Verea Hernández. La obra Memoria en Línea consta de una instalación textil montada en el Vestíbulo, realizada por más de 150 artesanos con lana teñida a mano y tejida en telar industrial, cinta magnética de cassette y cadena de oro de 14 quilates. Mientras que Cámara Mamut en Museo Amparo, es una serie de retratos realizados con cámara formato Mamut de figuras de animales que forman parte de las obras de la Colección de Arte Virreinal y Siglo XIX. 

En 2023, en el marco de la muestra Lu' Biaani: Francisco Toledo y la fotografía, Fausto Nahúm Pérez Sánchez, director del Centro Fotográfico Manuel Álvarez Bravo, y los artistas Javier León Cuevas y César López, dialogan acerca de la trayectoria del CFMAB.

Este espacio, fundado por Francisco Toledo el 17 de septiembre de 1996 con la presencia del fotógrafo Manuel Álvarez Bravo, reúne más de 100,000 imágenes de los fotógrafos más destacados en México, como Graciela Iturbide, Man Ray, Henri Cartier-Bresson, Hugo Brehme, Nacho López, Pablo Ortiz Monasterio, entre otros. Como parte del compromiso de fomentar la labor fotográfica y de divulgación, ofrece cursos de formación que van desde técnica fotográfica hasta talleres especializados.

En 2024, el Museo Amparo presentó la exposición Chantal Peñalosa Fong. Otros cuentos fantasmas. La muestra, curada por Virginia Roy, presentó nueve proyectos en donde a través de video, fotografía e instalación, la artista explora historias personales y su cruce con diferentes culturas y espacios.