La conquista de las almas fue una serie de videos realizada por investigadores y alumnos de la UDLAP. La producción de siete capítulos sobre la conquista española fue transmitida en el Auditorio del Museo Amparo en 1994.

En 1994 se presentó en el Museo la exposición Federico Cantú. Los látigos de tus líneas con un conjunto de obras que incluía retratos, escenas religiosas y mitológicas, y paisajes. Entre sus obras se encuentra el grabado de la madre amamantando a su hijo, escoltados por las alas desplegadas del águila y asentada sobre las siglas IMSS.

En 1994 se realizó el Ciclo de conferencias El México Prehispánico, que tuvo como objetivo ofrecer una visión conjunta de las áreas culturales que conformaron nuestro territorio en dicha época. Las seis conferencias estuvieron a cargo de reconocidos arqueólogos del INAH y de la UNAM.