En 2002 se realizó la exposición México, un viaje a la tierra de los dioses en Nieuwe Kerk, Ámsterdam, donde el Museo Amparo, junto con otras 11 instituciones museísticas del país, ofrecieron en préstamo piezas de las grandes culturas prehispánicas. De las 277 piezas que viajaron para la muestra, el Museo participó con 18 obras, entre las que figuraron la Vasija con la figura de un perro recostado, de la cultura teotihuacana; el Yugo con cráneos, de la cultura de El Tajín; y Hombre en actitud reflexiva, de la cultura olmeca. 

En 2002, con motivo del día del niño, se realizó la presentación interactiva de Otrébor, el dino-drago mágico del Museo Amparo. A través de diferentes módulos de video, este programa mostró en realidad virtual a Otrébor, quien hacía un viaje por las ciudades mesoamericanas y mostraba a los niños las obras de la colección prehispánica.

En 2002, con piezas de arte prehispánico del acervo del Museo Amparo, de la zona Arqueológica de Xochitécatl y de los Museos regionales del INAH en Tlaxcala y Puebla, se inauguró la exposición La maternidad en el México prehispánico. Esta muestra constó de 85 piezas, en donde se rindió un homenaje a las mujeres mesoamericanas y la importancia de su rol dentro de la sociedad prehispánica.

En 2002, en memoria de don Manuel Espinosa Yglesias, el Museo Amparo ofreció en su honor el concierto Música y valses de México. La interpretación se realizó en el Vestíbulo y estuvo a cargo del octeto de la Orquesta Clásica de México de Carlos Esteva.

Como parte de la exposición La maternidad en el México prehispánico, que se realizó en el Museo durante el 2002, se organizó una serie de conferencias con el fin de profundizar en el tema. En las tres sesiones se abordó la participación de las mujeres-madre en la vida social, política, económica y cultural de Mesoamérica.

En 2002, se inauguró la exposición temporal Francisco de Goya. La tauromaquia de Goya. La muestra estuvo compuesta de 40 grabados, entre los que destacó La muerte de Pepe Illo, realizado con la técnica de aguatinta que plasmó con gran realismo el momento exacto de una de las suertes taurinas.

En 2002 se inauguró la exposición Carne de gallina del artista regiomontano Julio Galán, cuya práctica se cataloga dentro de la corriente figurativa y neomexicanista de los ochenta. La exhibición retrospectiva reunió 43 obras entre pinturas, autorretratos, objetos e instalaciones creados a través de elementos de la estética popular y el simbolismo.