En 2005 se inauguró la muestra del artista oaxaqueño Francisco Toledo Zoología fantástica. La exposición estuvo integrada por 45 obras en tinta y acuarela que retrataban la fauna fantástica que plasmó en sus textos Jorge Luis Borges. También se pudieron apreciar piezas de la Colección de Arte Prehispánico del Museo, mostrando así la relación entre el hombre y la naturaleza como parte de un mismo mundo.