En abril de 2009, atendiendo las recomendaciones emitidas por el gobierno federal debido a la alerta de contingencia sanitaria por influenza AH1N1, el Museo Amparo cerró temporalmente sus puertas al público. Las instalaciones se reabrieron el 6 de mayo de 2009, retomando las actividades que tuvieron que ser suspendidas como los talleres artísticos para niños y el diplomado El arte del México indígena.