En 2013, el Museo Amparo inauguró la primera etapa de actualización arquitectónica en la cual se generaron nuevos espacios, se consiguió neutralidad mediante los materiales y acabados, además de que se les dio un nuevo valor a los edificios históricos mediante una mayor fluidez espacial. Entre los primeros resultados destaca la renovación de las salas de exposiciones temporales, la actualización de la Biblioteca, la Tienda y el Auditorio, la adecuación de las azoteas en una Terraza con cafetería, así como la creación de accesos óptimos para personas con problemas de movilidad.