En 2012, el Museo Amparo en colaboración con el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM y el Instituto de Ciencias Sociales y Humanidades Alfonso Vélez Pliego de la BUAP, editaron el libro Ensayos de escultura virreinal en Puebla de los Ángeles. Esta publicación académica reúne siete ensayos que nos hablan sobre la imaginería y las diferentes líneas de investigación de la escultura novohispana, convirtiéndose en un texto de referencia para la historiografía del arte mexicano. 

En 2012 se realizó la exposición Los límites de la forma, misma que presentó un recorrido por la carrera del arquitecto mexicano Enrique Norten. En la muestra se apreciaron 15 proyectos con más de 100 maquetas y material gráfico de gran formato a partir de tres ejes: paisajes, espacios y reinvenciones. Destacaron las maquetas de la Universidad de Rutgers, la Torre Santander y el Museo Amparo.

En 2012 se organizó el Taller de Cómic para adolescentes y niños, el cual tuvo como objetivo desarrollar la habilidad para expresar múltiples ideas a través de la historieta y la ilustración. Los participantes aprendieron sobre los términos gráficos, los soportes, así como las técnicas tradicionales y contemporáneas para realizar su propia historieta. 

El 17 de marzo de 2012, en coordinación de la Dirección de Turismo Municipal, se realizó la primera Noche de Museos. En esta edición participaron 4 museos: la Casa de Alfeñique, la Capilla del Arte UDLAP, el Museo Militar y Biblioteca “General Ignacio Zaragoza”, y el Museo Amparo, abriendo sus puertas hasta las 22:00 horas con entrada gratuita.

En 2012 se llevó a cabo la exposición Animaciones, de la artista mexicana Magali Lara. En la exhibición se reunieron cuatro producciones: Después de la lluvia, Glaciares, No me acuerdo y Un posible día, las cuales son muestra de la faceta de experimentación entre cómic, texto, música y pintura de la creadora. 

En 2012, el Museo Amparo, en colaboración con el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, ofreció el curso Los rituales de lo cotidiano en la época virreinal; en el cual se conocieron los usos, costumbres, vestuario, arte y ocio de los 300 años que duró la ocupación española en el territorio. A través de las 26 sesiones, impartidas por investigadores y especialistas del arte virreinal de la UNAM y del INAH, los participantes pudieron reflexionar sobre el arte y los objetos relacionados con los rituales cotidianos.

En 2012, el Museo Amparo presentó la instalación de Francis Alÿs, Fabiola, la cual se albergó en las Salas de Arte Virreinal y Siglo XIX. La muestra presentó más de 400 imágenes de Santa Fabiola, con un enorme rango de variaciones que van desde los medios empleados (pintura al óleo, bordado, esmalte y, en un caso particularmente memorable, semillas y frijoles) hasta la asombrosa diversidad de habilidades técnicas por parte de sus creadores, la mayoría de ellas hechas por aficionados.

En 2012 se publicó el libro de la exposición Historias de A. Obras de la Colección Jumex. En el catálogo, además de conocer las distintas obras presentadas en la exhibición, se pueden leer dos textos, uno escrito por el curador Michel Blancsubé y otro realizado por Irmgard Emmelhainz, ambos como un acercamiento a la antropomorfización que el ser humano ha realizado a lo largo de la historia, desde Aristóteles, hasta los propios artistas presentes en la muestra. 

En 2012, el Museo Amparo organizó el curso ¿Qué es el arte contemporáneo? a cargo de Gonzalo Ortega, curador y editor independiente. El curso tuvo como objetivo introducir a los participantes en el sentido y significado del arte actual a través de distintas temáticas, entre ellas, las vanguardias artísticas del siglo XX, el arte cinético, el posmodernismo, el arte público, el arte de medios y el arte sonoro.

En 2012, el Museo Amparo, en colaboración con el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, realizaron el curso Diseño textil, impartido por el investigador Jesús Pérez Morera. El curso constó de dos partes, en la primera, Tecnología y clasificación del tejido artístico, se introdujo a los participantes al tema del tejido artístico, analizando sus relaciones con otro tipo de artes y sus tecnologías de creación; la segunda parte estuvo dedicada a revisar la Historia y evolución de la composición textil, analizando los tejidos y bordados desde la época medieval hasta el siglo XIX. 

En 2012, el Museo Amparo realizó el curso Historia de la pintura mural en México, el cual analizó el desarrollo de esta manifestación artística en nuestro país desde la época prehispánica hasta el siglo XX. En el primer módulo se revisó la época prehispánica, en donde se estudió la técnica de la pintura mural en esa época; las pinturas de las grandes civilizaciones como la maya, teotihuacana y zapoteca; además se realizaron visitas a sitios de interes como la Zona Arqueológica de Cacaxtla.

En 2012, el Museo Amparo inauguró la exposición Domus Fidelis. La devoción en la casa poblana, la cual permitió reflexionar sobre el concepto de devoción expresada no solamente en el ámbito de las iglesias, sino en las habitaciones particulares de la Puebla novohispana. Bajo la curaduría de Pablo Amador Marrero, académico del Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, se presentó una selección de 50 piezas provenientes de acervos de la Catedral de Puebla, del templo de las Capuchinas, de colecciones particulares y del propio Museo Amparo.