En 2011, el Museo Amparo, en colaboración con The Institute of Contemporary Art de Boston, realizaron la muestra Dr. Lakra, siendo ésta la primera exposición individual del artista oaxaqueño en un museo mexicano. La exhibición estuvo conformada por 60 obras realizadas en dibujos sobre papel, publicaciones antiguas, muros u objetos en donde el artista usó el tatuaje como recurso para otorgarles una segunda piel y dotarles de una nueva connotación.

En 2011 se presentó la muestra Light years, de la artista española Cristina Lucas. La exposición reunió videos, fotografías, dibujos e instalaciones que escenificaron actos performáticos en los que la artista confronta directamente los símbolos, mitos y metáforas de momentos fundacionales de la dominación patriarcal occidental.

En 2011, el Museo Amparo en colaboración con el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, realizaron el curso Arte español, el cual comprendió un recorrido por sus íconos de 1492 a 1898. Durante 10 semanas, expertos de la UNAM, la Universidad de Granada, la Universidad de la Laguna, la Universidad Iberoamericana y de la Escuela Nacional de Conservación, Restauración y Museografía, dialogaron con los participantes sobre las manifestaciones artísticas producidas en la Península durante el tiempo que la monarquía hispánica tuvo colonias en América. 

En 2011, el Museo Amparo, en colaboración con el Ayuntamiento de Puebla, inauguraron la muestra 1531-2011. 480 años trazando la historia de Puebla, la cual ofreció la oportunidad de conocer la riqueza histórica y documental de la ciudad de Puebla de los Ángeles. Se presentaron documentos originales de la fundación de Puebla, como la Real Cédula de 1532 que le otorgó el título de ciudad; los Suplementos de Cabildo, que fueron reconocidos como Memoria del Mundo México por la UNESCO; además de otros 15 documentos trascendentales de la historia local.

En 2011, en colaboración con el CONACULTA, el Museo Amparo participó en el programa Pasaporte Cultural, a través del cual estudiantes, jóvenes, gente con capacidades diferentes y personas de la tercera edad pudieron visitar sin pago alguno los 247 centros culturales con que cuenta Puebla. En esta ceremonia, realizada en las instalaciones del Museo, la presidenta del CONACULTA, Consuelo Salazar, resaltó que este tipo de acciones eran favorables para que la sociedad se acercara a conocer la riqueza del patrimonio poblano.

En 2011, el Museo Amparo emprendió el proyecto de actualización arquitectónica a cargo del despacho TEN Arquitectos, encabezado por Enrique Norten. En una ceremonia donde se colocó la primera piedra, el presidente de la Fundación Amparo, José Antonio Alonso Espinosa, comentó que las obras de modernización incluirían la creación de nuevas salas de exhibición con estándares internacionales, vestíbulo óptimo para la exhibición temporal de obras, biblioteca con mayor capacidad y mejor servicio al público, modernización del auditorio, y la adecuación total de los espacios para el acceso a personas con problemas de movilidad.

En 2011, el Museo Amparo presentó la muestra Rostros de la divinidad. Los mosaicos mayas de piedra verde, la cual reunió por primera vez un corpus de trece máscaras mayas de mosaico de piedra verde junto con sus ofrendas funerarias. Entre las piezas rescatadas de contextos funerarios, se pudieron apreciar monumentos líticos, objetos de cerámica, piedra, concha y caracol, símbolos representativos de la visión del cosmos y del poder en el pensamiento maya.

En 2011, la obra Vista de Toledo de Diego Rivera, viajó hasta Málaga, España para la exposición Diego Rivera, cubista. De la Academia a la Vanguardia, 1907-1921. La pintura, junto con otras 30 provenientes de centros culturales en México, Estados Unidos y Ucrania, fue parte de la primera muestra en Europa de obras netamente cubistas del pintor, ofreciendo así un panorama diferente a su faceta como muralista.

En 2011, el Museo Amparo en colaboración con el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM y la Universidad de San Carlos de Guatemala, ofrecieron el curso (Re) Visiones contemporáneas del arte prehispánico. El programa propuso un análisis diferente del arte de la época, ya que estuvo organizado a través de las técnicas de elaboración, materialidad y origen de obras arqueológicas que ayudaron a comprender las formas e imágenes que se forjaron en los contextos originarios, los reflejos y la continuidad que tuvieron a lo largo de los siglos.

En 2011 se inauguró la exposición Resisting the Present. México 2000-2012, con la presencia de 24 jóvenes artistas mexicanos, la muestra presentó obras de diversas técnicas y formatos como instalaciones, videos, diseño, fotografía y películas, donde se reflejó la conciencia aguda de estos artistas sobre las circunstancias actuales y los estados de emergencia en la sociedad.

En 2011 se realizó la exposición Por mano de ángeles cincelado, exhibición que mostró los resultados obtenidos con el Programa de Estudios e Investigación de la Colección del Museo Amparo sobre el conjunto de obras realizadas en plata. La selección presentada constó de 27 obras, las cuales ilustraron la evolución estilística de la platería novohispana, así como su variado uso de carácter religioso y doméstico. 

En 2011, el artista chileno Alejandro Jodorowsky se presentó en el Auditorio de la Universidad de las Américas Puebla, en el marco de las actividades de la exposición Resisting the Present. México 2000-2012, realizada en el Museo Amparo, en colaboración con el Museo de Arte Moderno de París. Previo a la muestra, el también dramaturgo, ofreció una rueda de prensa en el Museo Amparo donde aprovechó para hablar de la pieza Fábulas pánicas, serie de dibujos mostrados en la exhibición temporal.

En 2011, el Museo Amparo presentó la muestra Historias de A. Obras de la Colección Jumex, exposición integrada por 10 microrrelatos realizados por 11 artistas. A través de instalaciones, videos, esculturas y dibujos, los artistas reflexionaron sobre cómo el ser humano retoma características de los animales para describir hechos y gestos de sus semejantes.