En 2021, el Museo Amparo presentó el tercer eje de su Colección Permanente: El tiempo en las cosas. Salas de Arte Contemporáneo con la curaduría de Tatiana Cuevas. La muestra reúne en siete salas más de 60 obras realizadas por cerca de 40 artistas, desde 1990 hasta nuestros días, las cuales se encuentran en diálogo con una selección de piezas prehispánicas, entrelazando momentos comunes en el transcurso del tiempo. 

En 2021, el Museo Amparo, en colaboración con el Museo Universitario Arte Contemporáneo (MUAC, UNAM), inauguró la exposición Manuel Felguérez. Trayectorias, la cual presentó 88 obras que recorrieron la producción artística de Felguérez, desde su obra pictórica temprana hasta sus últimas piezas caracterizadas por ser monumentales. 

En 2021, el Museo Amparo lanzó la plataforma digital Amparo Online, la cual consiste en un micrositio digital de múltiples documentos derivados de la Colección Permanente, Exposiciones Temporales y Programas públicos. En este micrositio se comparten, a partir de selecciones temáticas, audios, videos, textos y fotografías del archivo digital del Museo Amparo; entre los materiales disponibles se encuentran archivos relacionados con el artista Manuel Felguérez, la Catedral de Puebla, el programa público El círculo que faltaba, además de la sección El Amparo eres tú, en la que el público tiene la oportunidad de compartir con nosotros, a través de fotografías, sus momentos especiales vividos en el Museo. 

En 2021 el Museo Amparo, en colaboración con Fomento Cultural de la Fundación BBVA México, presentó la exposición Santiago Arau. Territorios. La muestra, integrada por 117 fotografías, estuvo articulada a partir de cinco núcleos temáticos que presentan la riqueza del territorio mexicano. Para su exhibición en el Museo Amparo, Territorios contó con piezas inéditas del estado de Puebla, entre ellas el volcán Popocatépetl desde una perspectiva área.

En 2021 el Museo Amparo presentó la exposición José de Ibarra, el lenguaje del afecto, muestra de uno de los pintores más importantes del siglo XVIII en la Nueva España. La exposición estuvo integrada por 30 obras de Ibarra y de sus contemporáneos, provenientes de distintas colecciones públicas y privadas, entre las que destacan la Colección del Museo Amparo, Biblioteca Palafoxiana y Basílica Catedral de la Inmaculada Concepción en Puebla, así como templos de Guanajuato y Ciudad de México, y obras del Museo Nacional de Arte, Museo Nacional de Historia y de la Catedral Metropolitana.

En 2021 se presentó la exposición Cisco Jiménez. Anatómica, la cual mostró la producción del artista mexicano desde principios de los noventa hasta la época actual. La exhibición, articulada a partir de cuatro secciones, estuvo integrada por aproximadamente 150 obras realizadas con diferentes técnicas como pintura, collage, escultura, cerámica, ensamblaje e instalación.

En 2021 se publicó el libro digital El renacimiento de la talavera en Puebla, de 1890 a 1940: la Colección del Museo Amparo, investigación realizada por la Dra. Emma Yanes Rizo sobre la loza estannífera de Puebla. En la publicación se documenta la importancia de la colección de talavera con la que cuenta el Museo como ejemplares únicos de la etapa romántica; así como un importante número de piezas con sellos o firmas del Taller Uriarte y de Enrique L. Ventosa.