Durante 1998, la compañía teatral Carlos Ancira realizó una temporada de teatro infantil en el Museo Amparo presentando la obra El mitote. La función realizada con títeres, contó leyendas y mitos de origen prehispánico de una forma divertida y didáctica, con la finalidad de acercar a los más pequeños a este período.

En 1998, el Museo Amparo recibió un reconocimiento por parte de la Sociedad Defensora del Tesoro Artístico de México, A.C. por su labor de conservación y restauración de los valores artísticos y culturales del país. Este reconocimiento fue entregado a la subdirectora del Museo, Ángeles Alonso Espinosa, en representación de la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía.

En 1998, como parte del Taller de Historia de la Fotografía, inició el segundo módulo con la técnica de cianotipo. En este taller, los participantes tuvieron la oportunidad de acercarse a los procesos teórico-prácticos de la fotografía con el fin de incorporarlos al trabajo contemporáneo. 

En 1998 se inauguró esta exposición temporal para conmemorar el LXXXV Aniversario de la creación del Ejército Mexicano. La muestra contempló 340 piezas, entre documentos históricos originales, obra plástica, indumentaria, fotografías, banderas y armas, desde la Independencia hasta la Revolución Mexicana. 

En un esfuerzo conjunto por construir un foro de expresión para las ideas musicales, el Museo Amparo y la Universidad Iberoamericana Golfo Centro, organizaron en 1998 el Seminario La música y sus ideas, el cual estuvo conformado por una serie de conferencias y conciertos impartidos por destacados músicos, investigadores y académicos que introdujeron a los participantes en el pensamiento musical, desde lo clásico hasta lo contemporáneo. 

En 1998 se presentó el catálogo de obra Mi sono innamorato di te... ti ho visto dall'aereo... del artista italiano Luca Bray. Santiago Espinosa de los Monteros realizó una introducción de la publicación, la cual contiene las fotografías de 15 obras realizadas por el pintor entre 1996 a 1998. 

Con el objetivo de estudiar los contrastes y similitudes entre el barroco europeo e iberoamericano, en 1998 se impartió el Taller de Arte Barroco en Europa, México y América del Sur. Los participantes tuvieron la oportunidad de profundizar en el tema a partir de sesiones prácticas y visitas a lugares representativos en la ciudad.

En 1998, el Respaldo de trono formó parte de la exposición internacional Los Mayas, que se realizó en el Museo del Palacio Grassi, en Venecia, Italia. 

En septiembre de 1998, en colaboración con el Musée de l´Homme, se presentó la exhibición Culturas y cocinas. Exposición etnográfica. A través de 450 objetos de cocinas de todo el mundo, esta muestra permitía apreciar cómo, a través del tiempo, los seres humanos crean y transforman los recursos de su entorno para producir alimentos. 

En 1998, el Museo Amparo inauguró la exposición Los galeones de la plata, en colaboración con el Museo de Historia Mexicana y el Museo Franz Mayer. Se mostraron pinturas, objetos de plata, porcelana, esculturas, lacas, indumentaria y joyería, los cuales fueron testimonio de dos siglos y medio de intercambio comercial y cultural entre Asia y América.