En 1999 se inauguró la exposición Arquitectura y diseño de la italiana Anna Castelli. La muestra estuvo conformada por más de 180 objetos que permitieron apreciar parte de los proyectos arquitectónicos y diseños de mobiliario que la artista realizó en sus más de 50 años de trayectoria profesional. 

En 1999, el Museo Amparo recibió al Consejo Directivo de Americas Society. Encabezados por su presidente honorario, David Rockefeller, la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía ofreció a los directivos de la asociación un recorrido por las instalaciones; al finalizar, anunció que en ese año, la Galería de Americas Society sería sede de la exposición temporal Talavera poblana: cuatro siglos de una tradición de la cerámica poblana. 

En 1999 el Museo Amparo, en colaboración con el Instituto Anglo Mexicano de Cultura, presentó en el Vestíbulo una función de cuentos musicalizados como parte de los festejos del día del niño. El programa consistió en la narración de dos historias: Babar el elefante y El Oso Paddington, las cuales estuvieron a cargo del actor Mario Iván Martínez con el acompañamiento musical de Zöe Smith en el piano. 

El Premio Quetzal fue un galardón creado con el fin de reconocer a los mejores representantes locales de la radio, televisión, periodismo, cine, cultura y ciencia. En 1999, la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía recibió este especial reconocimiento como poblana distinguida por su labor altruista en beneficio del Patrimonio Cultural e Histórico de la ciudad de Puebla.

En mayo de 1999, dio inicio la temporada teatral infantil de verano en el Museo Amparo. A cargo de la compañía teatral Carlos Ancira se presentó la obra Fantasía… Cuento de nunca acabar, en la que los niños pudieron adentrarse de forma divertida al mundo de los grandes personajes de la literatura como, J. R. Tolkien y Michael Ende.

En 1999 se presentó en el Museo la exposición José Lazcarro. Antología 1990-1999 con obras de gran formato de la variada producción del artista poblano, quien con su quehacer artístico ha contribuido a la formación de nuevas generaciones de artistas visuales. 

En 1999 se inauguró Circulaciones, exposición concebida especialmente para las instalaciones del Museo Amparo. En esta muestra, el artista Gerardo Suter transformó las salas con sus obras de gran formato para hablar acerca de su concepción del cuerpo, territorio, memoria y tiempo.

En 1999, el Museo se unió al Programa Nacional de Salas de lectura, el cual, a través del CONACULTA, puso a disposición de los visitantes 170 títulos de temática general como teatro, poesía, danza, historia, arte, arquitectura y ciencia, con el fin de fomentar entre los poblanos el hábito de la lectura. 

En 1999, el Museo Amparo realizó el Diplomado en Acción y desarrollo cultural en colaboración con Espacio Espiral, A.C., en el que se abordaron temáticas como cultura e identidad, cultura y sociedad, cultura y medio ambiente, y procesos actuales de las políticas culturales. Las sesiones estuvieron a cargo de ponentes de la UNESCO, CONACULTA, FONCA, INAH y del Museo Franz Mayer.