Como parte de las celebraciones de su noveno aniversario, el Museo Amparo, en colaboración con la Fundación Cultural Serfin, A.C., realizó la exposición De tlacos y pilones a billetes y tostones. El dinero de México, la cual a través de documentos, fotografías, esculturas, pinturas, y por supuesto monedas y billetes, recrearon la historia del dinero en nuestro país desde la época prehispánica. La investigación histórica estuvo a cargo de Leonor Ludlow y Pilar Martínez López-Cano, con la asesoría de Eliseo Garza Salinas y Miriam Kaiser. 

En el marco de los festejos del día del niño, en el 2000 se inauguró la exposición Trinidad Osorio. De colores con un total de 62 pinturas, así como juegos y juguetes tradicionales de México; en el recorrido se abordaron las temáticas de niños, animales, paisajes, flores y frutas.

Don Manuel Espinosa Yglesias, fundador del Museo Amparo, falleció en el año 2000. Fue un empresario poblano comprometido con la difusión del patrimonio artístico y cultural de México. Su labor filantrópica se vio reflejada en la creación de proyectos sociales, educativos y culturales para apoyar las necesidades de diversas comunidades en el estado de Puebla y otras partes del país. 

En memoria de la labor social y humanitaria que realizó en beneficio de Puebla, el Congreso del Estado rindió en julio de 2000 un homenaje póstumo al empresario y filántropo don Manuel Espinosa Yglesias. Durante la ceremonia, los presentes recordaron las obras más relevantes que realizó en pro del cuidado y conservación del patrimonio cultural de México, entre ellas, el financiamiento a las obras del Templo Mayor, el rescate del Centro Histórico de Puebla después del sismo de 1999 y la fundación del Museo Amparo.

Como parte del Festival FotoSeptiembre Internacional 2000, en el Museo se realizó la exposición Fotografía estereoscópica, México 1864-1925, organizada en colaboración con la Fototeca Antica. La exhibición contó con 43 fotogramas de diversos artistas, además de cámaras y visores con los cuales se pudieron observar las imágenes de aquella época en forma tridimensional.