En enero de 2005 inició el programa Vive la historia, en el cual la cuentacuentos, Georgina González, fue la encargada de escenificar la leyenda poblana La Calle de las Calaveras. Las interpretaciones, realizadas en las Salas de Arte Virreinal, permitieron a los participantes aprender de forma significativa datos relevantes de la historia colonial de Puebla.

En 2005 se impartió en el Museo Amparo el primer Diplomado en Historia del Arte Mexicano en colaboración con el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM. Coordinado por el Dr. Pablo Escalante Gonzalbo, contó con 4 módulos: Arte del México antiguo, Arte en la etapa virreinal, Arte del México Independiente y Siglo XX; fue impartido por destacados investigadores como Elena Isabel Estrada de Gerlero, Rogelio Ruiz Gomar, Tomás Pérez, Gustavo Curiel, Angélica Velázquez, Fausto Ramírez y Elia Espinosa. 

En mayo de 2005, Carlos Monsiváis presentó en el Auditorio del Museo la conferencia David Alfaro Siqueiros: El personaje contra el mito, ante más de 500 asistentes. El destacado escritor mexicano realizó una interesante reflexión sobre la vida y obra de uno de los pintores más importantes de nuestro país, cerrando con un diálogo con la crítica de arte Raquel Tibol.

En 2005 se inauguró la muestra del artista oaxaqueño Francisco Toledo Zoología fantástica. La exposición estuvo integrada por 45 obras en tinta y acuarela que retrataban la fauna fantástica que plasmó en sus textos Jorge Luis Borges. También se pudieron apreciar piezas de la Colección de Arte Prehispánico del Museo, mostrando así la relación entre el hombre y la naturaleza como parte de un mismo mundo. 

En 2005 se publicó el catálogo de la exposición Juan Soriano. La rebelión y la libertad. En él, además de encontrar fotografías de las 78 obras de la muestra, destaca la presentación del artista, realizada por la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía, y un poema que describe a Soriano, por el escritor mexicano José Emilio Pacheco.

Como parte de la labor de difusión y preservación de las tradiciones de México, el Museo Amparo ofreció en 2005 el taller de cartonería con el tema de Día de Muertos, en el que los participantes tuvieron la oportunidad de elaborar el esqueleto, moldearlo y obtener una calavera articulada en la tradicional técnica mexicana.

La exposición La rebelión y la libertad del maestro Juan Soriano se inauguró en 2005 bajo la curaduría de Miguel Cervantes; la exhibición reunió 65 pinturas, ocho esculturas de bronce y cinco de cerámica, obras creadas por el artista mexicano entre 1934 y 1997.