En 2006 se presentó la exposición Maestro de los sueños en homenaje al artista Rodolfo Morales. La muestra retrospectiva se realizó en colaboración con el MARCO y contó con aproximadamente 200 obras en las cuales se pudo apreciar su habilidad para crear atmósferas oníricas inspiradas en las tradiciones y mitos de su natal Oaxaca.

En 2006, el Museo Amparo en colaboración con el MARCO publicaron el catálogo de la exposición Rodolfo Morales. Maestro de los sueños. El libro, realizado en homenaje a uno de los artistas más importantes de Oaxaca, cuenta con ensayos biográficos y diversas fotografías que muestran su producción artística.

En 2006, la página web del Museo Amparo recibió un premio por su presencia en el área digital; esta innovadora página ofrecía la posibilidad de consultar las actividades, exposiciones temporales y eventos realizados a lo largo del año. 

En 2006, el Museo Amparo inauguró la exposición Roberto Cortázar. Saturno en el mundo de los parricidas, la cual estuvo organizada en dos ejes temáticos: el mito de Saturno y el hecho histórico de los Tiranicidas atenienses del siglo V antes de nuestra era. La muestra contó con 25 cuadros de pequeño y gran formato al óleo, así como piezas realizadas en punta de plata sobre tela, que fueron trabajadas por el artista desde el 2004. 

En 2006, el Museo Amparo realizó el Diplomado El arte de la Nueva España, en el que se abordaron temáticas como historia, pintura, costumbrismo e identidad, artes gráficas y celebraciones en el territorio novohispano durante los siglos XVI al XVIII. Las sesiones estuvieron a cargo de expertos de la Ciudad de México, Michoacán, Oaxaca, Los Ángeles y Alemania.