En 2007, con el propósito de difundir el acervo del Museo, se inauguró la exposición Un paseo por la Colección Prehispánica del Museo Amparo en Starbucks Coffee, sucursal La Paz. La muestra itinerante constó de 12 fotografías de obras de la Colección realizadas por Juan Carlos Varillas Contreras, las cuales se presentaron por tres semanas en cada una de las sucursales de la cadena de cafeterías.

En 2007, el Museo Amparo en colaboración con el INAH, Fundación Televisa y el Museo Nacional de Irán, coeditaron el catálogo de la muestra Persia. Fragmentos del paraíso, en el cual se puede constatar de manera etnohistórica, cultural y artística, la transformación del Imperio persa a lo largo del tiempo. La publicación está articulada a partir de tres ensayos históricos, e ilustrada con mapas y fotografías de monumentos arquitectónicos, pinturas y esculturas. 

En 2007 se inauguró la exposición Los murales de Miguel Covarrubias: Esplendor del Pacífico, la cual estuvo compuesta por cinco mapas monumentales de más de 45 paneles. Las obras fueron pintadas entre 1939 y 1940 para la Exposición Internacional del Golden Gate en la Isla del Tesoro en San Francisco, California; en ellas se proyectaban varios aspectos sociales, culturales, económicos y científicos de los países de la zona del Pacífico. 

En 2007, el Museo Amparo organizó el diplomado El arte en México durante el siglo XIX. El nacimiento de una nación, en el cual se reflexionó sobre artes plásticas, arquitectura, literatura, artes escénicas y urbanismo de la época decimonónica. Las 34 sesiones tipo conferencia fueron impartidas por reconocidos investigadores del Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, el Instituto Nacional de Antropología e Historia, la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla y de la Universidad de las Américas Puebla.

En 2007, el Museo Amparo, en colaboración con el Museo de Arte Contemporáneo de Monterrey, inauguró la exposición temporal Jan Hendrix. Storyboard; con la naturaleza como tema central, la muestra conformó una revisión retrospectiva de la producción artística de Hendrix. La exhibición contó con 30 obras en pequeño y gran formato de serigrafía, entre las que destacó la serie Script, integrada por 3,608 piezas realizadas con esta técnica.

En 2007, en el marco de la exposición Jan Hendrix. Storyboard, el crítico de arte, curador y cineasta Olivier Debroise, realizó en el Auditorio del Museo la conferencia Mis viajes sin Jan Hendrix. Durante la charla, los asistentes tuvieron un acercamiento a la obra de uno de los más grandes maestros en la técnica de la serigrafía, así como adentrarse en sus temáticas: la naturaleza y el paisaje.

En 2007 se inauguró la exposición internacional Persia. Fragmentos del paraíso que mostraba un recorrido cronológico por la historia cultural iraní desde el período paleolítico hasta la última dinastía que terminó en 1979. Estuvo conformada por 367 objetos de diversas materialidades, como bronce, plata, oro, cerámica, piedra, textiles y obras literarias. Entre las piezas destacó un núcleo de cuarzo, que era un instrumento multifuncional fechado hace un millón de años.

La señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía falleció en 2007; es recordada por su generosidad y altruismo, así como por su apoyo a numerosas obras sociales, culturales y humanitarias en el país. Uno de sus proyectos más significativos fue la creación del Museo Amparo, del que fue directora por casi 17 años, consolidándolo como una importante institución en los ámbitos nacional e internacional y en un referente en la vida cultural de México.

En 2007, Carlos Monsiváis impartió la conferencia Frida Kahlo: el ciervo vulnerado; en esta charla, el escritor comentó sobre la vida íntima y pictórica de la artista mexicana a partir de tres etapas clave: el dramatismo de su infancia y adolescencia; cuando Frida conoce a Diego Rivera; y la internacionalización, que ocurre a partir de sus viajes a Estados Unidos.