En 2008, el Museo Amparo, en colaboración con el Museo de Arte Contemporáneo de Monterrey y CEMEX, realizó la muestra Pensando en ti, la cual consistió en un homenaje póstumo a Julio Galán. La exposición estuvo compuesta por una selección de más de 100 óleos, collages, cerámicas, así como diversos objetos que pertenecieron al artista mexicano.

En 2008, el Museo Amparo, en colaboración con el Museo de Arte Contemporáneo de Monterrey, realizó la exposición Paula Santiago. 1996-2002. La exhibición contó con 17 piezas realizadas con materiales como cera, papel de arroz y, en algunos casos, su propia sangre y cabello, ampliando así las fronteras de la técnica y materialidad en el arte. 

En el marco de los festejos del 477 aniversario de la fundación de Puebla, en 2008 se entregó como homenaje póstumo la presea Custodios de la Ciudad, a la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía. Durante esta ceremonia se recalcó la importancia de la entrega, ya que a través de ésta, se honraba a los ciudadanos que son un ejemplo a seguir. 

En 2008, el Museo Amparo, en colaboración con el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, realizó el diplomado El arte en México. Siglo XX, el cual analizó los procesos, controversias y tendencias que se generaron en el ámbito artístico durante el siglo pasado. El programa, impartido por ponentes de la CDMX y Morelos, estuvo organizado a partir de cinco ejes: Panorama de la cultura; El arte de la Revolución Mexicana; Ruptura, transformaciones. La segunda mitad del siglo XX; Artes escénicas, música y literatura; y Hacia el nuevo milenio. 

En 2008, el Museo Amparo, en colaboración con el Gobierno del Estado de Puebla y UBS, presentó la exposición Paloma Torres. Horizontes fragmentados. La muestra albergó una selección de 87 obras, algunas realizadas ex profeso, entre las que se incluyeron esculturas, fotografías y relieves, que hacían referencia a la fragmentación del espacio propiciado por la masificación en las grandes ciudades. 

En 2008, el Museo Amparo, en colaboración con la Secretaría de Cultura, organizó la muestra del artista Bob Schalkwij Paisajes de agua, en la Galería Ángeles Espinosa Yglesias. La Galería, cuyo nombre fue otorgado como homenaje a la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía en Puebla, presentó 40 fotografías en las que se mostró la belleza del vital líquido; con tomas realizadas en Chiapas, Oaxaca, Veracruz, Baja California Sur, Vietnam y la Antártida. 

En 2008, con motivo de la exposición del Museo Amparo en el Museo Nacional de Historia en el Castillo de Chapultepec , se editó el catálogo Museo Amparo: Obras selectas. Dicha publicación cuenta con una revisión de las 76 obras exhibidas en la muestra, las cuales se dividieron en los diferentes períodos: prehispánico, novohispano, pintura de la Academia, arte moderno y contemporáneo.

En 2008, el Museo Amparo dio inicio al taller Cartonera Amparo, un programa multiartes de fomento a la lectura, creado por el grupo de Agentes Culturales de la Universidad de Harvard. El programa estuvo dirigido a niños de 8 a 11 años, donde a través de la literatura, música, teatro, artes visuales y artes gráficas, los participantes pudieron estimular y desarrollar el deseo de leer y la facultad crítica para interpretar las lecturas.

En 2008 se inauguró la muestra de la artista mexicana Betsabeé Romero: Lágrimas negras, siendo ésta una revisión de diez años de trabajo de temática urbana. La exposición constó de 103 obras, entre las que se incluyeron instalaciones, fotografías, modelos a escala, videos y documentación de proyectos de intervención urbana, donde un número importante de obras fueron inéditas.

Como un homenaje póstumo a la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía, en 2008 se inauguró la exposición Museo Amparo: Obras selectas en el Museo Nacional de Historia en el Castillo de Chapultepec; la muestra estuvo conformada por 76 obras de arte prehispánico, virreinal, moderno y contemporáneo. 

En 2008, el Museo Amparo, en colaboración con el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, llevó a cabo el curso Imaginería, el cual tuvo como objetivo mostrar las líneas de investigación más recientes sobre la escultura religiosa novohispana. El ciclo de conferencias constó de cinco sesiones, en las que expusieron destacados investigadores de España, Guatemala, Canadá y México.