En 2009, el Museo Amparo, en colaboración con el Museo de Arte Moderno, organizaron la muestra Yishai Jusidman. Pintura en obra. Conformada por cerca de 90 piezas provenientes de colecciones de México, Estados Unidos y Europa, la exhibición integró una síntesis retrospectiva de las series que Jusidman realizó de 1987 a 2009. Destacaron las series de Payasos, Bajo tratamiento y Pintores trabajando. 

En 2009, el Museo Amparo y el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM ofrecieron el diplomado El arte del México indígena, que comprendió su estudio desde la época prehispánica hasta nuestros días. En este diplomado se abordaron las diferentes manifestaciones artísticas como escultura, pintura y orfebrería en la época prehispánica; los cambios que se originaron durante el período colonial y las expresiones modernas. 

En 2009, la Fundación Amparo y el Ayuntamiento de Puebla firmaron un convenio de colaboración y apoyo financiero para la ejecución de la Senda de Ángeles, como un homenaje a la labor y trayectoria de la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía. Esta obra de restauración en el Centro Histórico, en la 2 Sur entre 3 y 9 Oriente, consistió en la ampliación de las banquetas, colocación de guarda-peatones, así como la instalación de luminarias ahorradoras de energía que embellecieron la vía. 

En abril de 2009, atendiendo las recomendaciones emitidas por el gobierno federal debido a la alerta de contingencia sanitaria por influenza AH1N1, el Museo Amparo cerró temporalmente sus puertas al público. Las instalaciones se reabrieron el 6 de mayo de 2009, retomando las actividades que tuvieron que ser suspendidas como los talleres artísticos para niños y el diplomado El arte del México indígena. 

En 2009 se inauguró la exposición El sabotaje de lo real. Fotografía surrealista y de vanguardia en colaboración con el Centro Georges Pompidou de París. Se presentaron obras de Hans Bellmer, Jacques-André Boiffard, Claude Cahun, Henri Cartier-Bresson y Dora Maar; así como de Manuel Álvarez Bravo, Tina Modotti, Kati Horna, Antonio Reynoso y Juan Crisóstomo Méndez.

En 2009, la Fundación Amparo y el Ayuntamiento de Puebla develaron en el Zócalo de la ciudad la escultura Kiosko, realizada en reconocimiento al altruismo y compromiso de la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía. La monumental obra del artista Jan Hendrix tiene forma cilíndrica, mide 6 metros de altura, está elaborada en aluminio laqueado con esmalte blanco, con cortes traslúcidos que se integran con los elementos del paisaje. 

En 2009, con el título de Cartonera Amparo, el Museo invitó por segundo año al programa multiartes dirigido a niños con el fin de estimular la lectura. La metodología del programa fue creada por Agentes Culturales de la Universidad de Harvard e implementada por el Museo Amparo con el apoyo de artistas de distintas especialidades en música, danza, literatura, teatro, artes plásticas y fotografía

En 2009, el Museo Amparo en colaboración con el Museo del Barrio de Nueva York, organizaron la muestra Arte no es vida. Acciones por artistas de las Américas, 1960-2000, exhibición que enmarcaba por primera ocasión un panorama de acciones de arte y performance realizados durante las últimas cuatro décadas del siglo XX. La exposición constó de 300 piezas, entre fotografías, videos, textos, objetos efímeros y utilería, por más de 100 artistas latinos.

En 2009, el Museo Amparo ofreció al público el Taller de estofados. De la teoría a la práctica. Dirigido por el Dr. Pablo Amador Marrero, especialista en la técnica novohispana, este curso-taller consistió en 5 sesiones en donde los participantes pudieron conocer paso a paso el proceso de la técnica de policromía y elaborar su propia muestra. 

En 2009 el Congreso del Estado develó en el Muro de Honor el nombre de la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía. Durante la ceremonia previa a la develación, los presentes recordaron las obras de la benefactora en favor del Estado y del país, entre ellas el rescate a las iglesias de Puebla después del sismo, el Proyecto Roberto en Zacatlán, y la fundación del Museo Amparo.