En 2010 se publicó el libro Cueva, ciudad y nido de águila, la culminación de un proyecto internacional de investigaciones centradas en el manuscrito pictórico del siglo XVI llamado Mapa de Cuauhtinchan núm. 2. La publicación, realizada por diversos investigadores del Moses Mesoamerican Archive, consta de tres partes: Orientaciones en tiempo y territorio, Narrativas y rituales de los caminos y sus costados, y Comparaciones y aproximaciones.

En 2010 se presentó la muestra Cicatrices de la fe. El arte de las misiones del norte de la Nueva España, 1600-1821, la cual integró piezas de arte novohispano poco conocidas. Contó con más de 100 obras entre pinturas, esculturas, platería, textiles, muebles, mapas y libros, destacando la escultura de Cristo del domingo de ramos que data de 1700. 

En 2010 se impartió en el Museo Amparo el Diplomado Géneros pictóricos. Su historia, su análisis y sus expresiones en el mundo y en México en colaboración con el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM. Enfocado en el estudio del retrato, el paisaje y la naturaleza muerta, los tres módulos estuvieron coordinados por los investigadores Paula Mues, Pablo Amador y Elia Espinosa.

En 2010, el Museo Amparo inauguró la muestra Vivir por fuera de la casa de uno, resultado de la invitación hecha al artista mexicano Carlos Amorales para crear una obra relacionada con el acervo prehispánico. La exposición presentó un total de 11 piezas entre escultura, instalación y video, en donde se pudo apreciar una perspectiva privilegiada de la naturaleza y los motivos de su quehacer, de 1995 a 2010.

El Museo Amparo organizó en 2010 el ciclo de conferencias Cultura, identidades y nacionalismo en México, en el cual se realizó una reflexión en torno a los valores y estereotipos que apelan a la autenticidad y a lo nacional. Entre sus ponentes estuvieron Pablo Escalante Gonzalbo, Ricardo Pérez Monfort y Pedro Salmerón. 

En 2010 se presentó la muestra Retrospectiva de la artista francesa, Annette Messager. A través de objetos no convencionales como redes, fotografías, peluches, lápices de colores, retazos de tejidos y animales disecados, la exposición presentó una selección de las obras más representativas de la artista. Entre las piezas exhibidas destacó Casino, obra por la cual recibió el León de Oro en la 51 Bienal de Venecia (Italia, 2005).

En 2010, en el marco del II Congreso Internacional sobre Escultura Virreinal Encrucijada se inauguró la exposición Acervo escultórico en el Museo Amparo, misma que presentó el estudio estilístico e iconográfico realizado a una selección de piezas virreinales, por los integrantes del Seminario de Escultura Novohispana del Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM. En la muestra se presentaron 20 obras, entre las que destaca la escultura de San Pantaleón, pieza patrimonio de la Catedral de Puebla.

En 2010, el Museo Amparo y el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, con el apoyo de la Secretaría de Cultura y el Ayuntamiento de Puebla, inauguraron el Congreso Internacional de Escultura Virreinal Encrucijada. La iniciativa dio inicio con una conferencia magistral a cargo de Felipe Pereda en la Capilla del Rosario, posteriormente, se inauguró la muestra Acervo escultórico del Museo Amparo, conformado por una selección de esculturas estudiadas por especialistas de Estéticas de la UNAM. 

En 2010 se realizó el catálogo de la obra Kiosko del artista Jan Hendrix, ubicada en el Zócalo de Puebla en honor y memoria a la señora Ángeles Espinosa Yglesias Rugarcía como reconocimiento a su labor altruista y a sus méritos como impulsora del arte y la cultura. La publicación reúne una serie de fotografías y láminas sobre el trabajo monumental de la pieza, así como textos de Pedro Ángel Palou y Enrique Norten.